Nella sala denomina del Crocifisso, sono presenti, entrando sulla destra, alcuni elementi architettonici di quella che era la chiesa medievale dei Santi Cosma e Damiano. All'interno, la sala contiene varie opere della spiritualità gesuitica, busti-reliquiario, per esempio quello di san Francesco Saverio, ed altri manufatti di scuola trapanese. Per esempio l'Ecce Homo. La parete di fondo ospita l'espressivo Crocifisso ligneo di Giovan Paolo Taurino.
