Dall’area museale al piano terra si accede, scendendo una breve rampa ad un antro sotterraneo che immette alla desueta area di sepoltura riservata ai padri gesuiti. Il luogo è identificato anche con il nome di Antro di S. Calogero in riferimento all’antica chiesa ipogea di “S. Calogero in Thermis” che, secondo la tradizione, era dimora e luogo di preghiera del Beato Calogero vissuto a Palermo nel IV sec. d.C. La Cripta si articola in due vani irregolari a pianta quadrangolare scavati interamente nella roccia; il primo vano ospita due altari mentre il secondo vano, con copertura a volta, presenta sulle pareti alcune nicchie semicircolari e da tracce di pittura parietale affiora l'effige della Vergine con il Bambino. Addossati alle pareti si trovano i colatoi originariamente chiusi da lastre d’ardesia in cui andavano deposti i resti mortali dei confratelli, fintanto che non avessero subito il lento processo di essiccamento.
